1980年3月学会设置编辑委工作员会， 1981年《北京生物医学工程》杂志创刊，它和北京生物医学工程学会一起长大，一起走过漫漫的发展历程。

创刊初，期刊编辑部设在北京医疗器械研究所，期刊编辑由北京医疗器械研究所马大忍等人兼任，没有专职人员，因此每一篇文章，都要由孙衍庆教授、胡传魁教授在业余时间亲力所为，即使是排版印刷他们也须事必躬亲，198  年，编辑部改组，编辑部由北京医疗器械研究所迁至北京安贞医院。

期刊从创刊时的64页发展到80页，再到112页；从不定期刊，到季刊，然后到双月刊，每一个小小的进步都凝聚了三代编辑人的辛苦和汗水。审、编、校队伍发展、壮大了。目前高学术造诣的编辑委员中，几乎包含了生物医学工程学科的所有研究方向，如生物力学、图像处理和分析、生物物理、人工器官、神经网络、组织工程，人工材料、中医工程以及计算机在生物医学工程的应用等；编辑部工作人员由不定编，到固定工作人员2名，直到现在的4人，且编辑部负责人由从事过多年生物医学工程学研究的科研人员担当，这样更有利于杂志能够及时抓住本学科的研究方向和发展动态。

编辑部几乎每年都有编辑人员参加科技书刊标准化、英文科技论文的撰写和编辑等学习班。并针对《北京生物医学工程》期刊在执行党和国家有关方针政策和出版法律、法规，期刊的印装质量、出版周期， 以及期刊的编排格式、量和单位的使用，数字用法、图表编排等等各方面的具体问题，进行了系统、规范的学习和请教，受益非浅。

2004年《北京生物医学工程》被评为四年一度的北京市科技期刊质量奖，在2006年、2007年、2008年和2009年都得到了北京市科协期刊部基金资助。